Momo, kamasz lány, nemrég veszítette el az édesapját. Anyjával a nagyszüleihez költöznek egy kis szigetre. A hagyományos ház padlásán egy régi képregényt talál, majd nem sokkal később furcsaságok történnek vele. Lát és érez dolgokat, majd meg is testesülnek előtte a jövevények, de az édesanyja ne hisz neki, amíg be nem bizonyítják valójában mire képesek.
A történet a nem túl távoli jövőben játszódik, egy olyan világban, amit az emberek képzelete határoz meg. Találhatók itt kísértetek és más szörnyek is, de ezeket közös néven csak Fantomoknak nevezik az emberek. Főszereplőnk Ichijou Haruhiko, a Hosea Akadémia elsőéves diákja, akit olyan társak segítenek a Fantomok elleni harcban, mint Kawakami Mai, az Öt Elementál Szellemét használó felsőbb éves; a Fantomfaló Izumi Reina és a magányos harcos Minase Koito. Hőseink megtapasztalják az iskolai élet örömeit és buktatóit, még mielőtt egy olyan esemény következne be, ami felfedi előttük a világuk titkát.
A történet a korai 1700-as évek Tokióját mutatja be az Edo korban. A nyolcadik shogun, Tokugawa Yoshimuna azt a parancsot adta, hogy helyezzenek el különböző dobozokat, melyeken keresztül a közemberek megoszthatják és hangoztathatják gondolataikat. Miután meghallgatta őket, a shogun új elöljárói osztagot hoz létre, a Mushigugyout, melynek célja, hogy megvédje a város szívében élő embereket. Minden egyes tagnak van egy különleges harci technikája, mely sajátságossá teszi az esetlegesen kialakuló harcokat.
A Nisekoi a középiskolás Ichijou Raku, a Shui-Gumi yakuza szervezet örökösének és Kirisaki Chitoge, a Beehive (Méhkas) nevű rivális gengszter lányának történetéről szól. A két fiatal váratlanul találkozik egymással, mikor Chitoge egy falról leugorva arcon térdeli Rakut. Miután a lány sietősen távozik, Raku észreveszi, hogy eltűnt az a nyakéke, amit attól a gyerekkori szerelmétől kapott, akivel egy titkos ígéretet tett. Mikor rájön, hogy Chitoge új cserediák az osztályában, arra kényszeríti a lányt, hogy segítsen neki megtalálni az elveszett ékszert. A keresgélés közben pedig egyre kevésbé bírják elviselni egymás társaságát.
