A Toaru kagaku no Railgun sorozat második évada. Először az Index novel Sisters Arc részét dolgozza fel (melyet az anime előtt még manga formájában kibővítettek), később egy anime original történetet láthatunk.
Nakagami Shinichirou olyan középiskolás életet él, ami a legtöbb diák számára egy valóra vált álmot jelentené, számára mégis inkább feszültséget jelent. Az iskolában közkedvelt Yuasa Hiromi egy teljes éven keresztül élt vele és a családjával. Az apja családjuk közeli barátja volt és mikor meghalt, ők azonnal befogadták a lányt. Népszerű, mindenki szereti és folyton mosolyog, tehetséges sportoló, mégis Shinichiro tudja, hogy a lelke mélyén a lány folyamatosan sír. Mivel rajztehetsége kiemelkedik, folyton megpróbálja ábrázolni a lányt és arra vágyik, hogy valahogy felszínre tudja hozni a lányban összegyűlt könnyeket. Bár nem képes értelmes beszélgetést folytatni a lánnyal, a lány sem könnyíti meg a helyzetét. Folyton egyedül van, visszahúzódó és az iskolában is csendesnek ismerik. Azonban megjelenik egy lány, Isurugi Noe, aki elátkozza a fiút, így megnehezítve amúgy sem egyszerű, középiskolás életét...
A futurisztikus világban játszódó történet színtere az öt, mesterségesen létrehozott sziget egyike. Ide érkezik meg az új diák, Tokonome Mamori, aki azon nyomban bajba is keveredik, és egy másik frissen átiratkozott diáklány, Shikishima Mirei siet a segítségére. Mikor úgy fest, hogy a rájuk támadó ellenséggel még ketten sem bírnak el, Mirei váratlanul megcsókolja Mamorit, aki ennek hatására egy karddá változik át.
Főhősünk Oscar, egyetlen gyermekként született egy rangos, francia, nemesi családba. Apja fiú örökösre számított, ezért elvakultságában fiú nevet adott lányának, és fiúként nevelte fel. Aki kiválóan tud lovagolni és vívni, vág az esze, és női ruhát szinte még sosem vett fel.
Oscar legjobb barátja a náluk szolgáló lovász fiú, André. Nevelése során a a férfiak közt is a legkiválóbb lesz. Majd apja nyomására a királyi testőrség Parancsnoka lesz.
Ekkor kezdődnek el Oscar megpróbáltatásai, hogy megvédje a királyi családot a merénylőktől, az udvari intrikáktól, vagy akár önmaguktól. Részről részre követhetjük nyomon Oscar ténykedését, egészen a Francia forradalom kitöréséig.